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生物肥料本身并不含有作物生長所需要的營養元素，而是通過自身微生物的生命活動，改善作物營養條件，如固定空氣中的氮素，參與養分的轉化，促進作物對養分的吸收，分泌各種激素刺激作物根系發育，抑制有害微生物的活動等，以達到促進作物生長的目的。生物肥料具有無污染、無殘留、培肥土壤、改善作物品質的優點，因此，生物肥料是無公害農產品、綠色食品的主要肥料。

生物肥料的種類很多，按其制品中特定的微生物種類分為細菌肥料、放線菌肥料（如抗生菌類）、真菌類肥料（如菌根真菌類）、固氮藍藻肥料等。生物肥料是靠微生物的作用發揮增產作用的，其有效性取決于優良菌種、優質菌劑和有效的施用方法。因此，生物肥料合理施用的原則是：第一要保證菌肥有足夠數量的有效微生物；第二要創造適合于有益微生物生長的環境條件。

生物肥料必須選用質量合格的，質量低劣、過期的不能使用。菌肥必須保存在 低 溫 （最 適 溫 度4-10℃）、陰涼、通風、避光處，以免失效。

為盡量減少微生物死亡，施用過程中應避免陽光直射；拌種時加水要適量，使種子完全吸附。拌種后要及時播種、覆土，且不可與農藥、化肥混合施用。

一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果較差，要配合施用石灰、草木灰等，以加強微生物的活動。

微生物生長需要足夠的水分，但水分過多又會造成通氣不良，影響好氣性微生物的活動。因此，必須注意及時排灌，以保持土壤中適量的水分。

生物肥料中的微生物大多是好氣性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷細菌等。因此，施用菌肥必須配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通氣良好。

微生物活動需要消耗能量。有機質是微生物的主要能源，有機質分解還能供應微生物養分。因此，施用生物肥料時必須配合施用有機肥料。

微生物生長需要多種養分。因此，必須供應充足的氮磷鉀及微量元素。例如豆科作物生長的早期，必須供應適量的氮素，以促進作物生長和根瘤的發育，提高固氮量；施磷肥能發揮“以磷增氮”的作用；適量的鉀鈣營養有利于微生物的大量繁殖；鉬是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，鉬肥與根瘤菌肥配合施用，可明顯提高固氮效率。